Зустрічається на розсаді і дорослих рослинах. Листки в'януть, жовтіють і засихають, корені буріють або чорніють, нерідко відмирають.

На дорослих рослинах чорна коренева гниль проявляється чорно-бурими плямами на кінчиках коренів: листки в'януть, вся рослина має пригнічений вигляд.

Захворювання викликає незавершений гриб Thielaviopsis basicola Ferr. родини Dematiaceae, порядку Hyphomycetales. У місцях уражень він розвиває бурувату грибницю, яка часто виступає на поверхні. На грибниці спочатку утворюються безбарвні конідієносці з безбарвними, одноклітинними ендоконідіями, 6-20 х 2,5-5,0 мкм. Згодом на поверхні коренів з грибниці утворюються циліндричні або діжкоподібні хламідоспори, як правило, з'єднані в ланцюжки. Вони коричнево-чорні або оливково-бурі, товстостінні, з бородавчастою оболонкою, до 12 мкм у діаметрі.

Гриб зимує хламідоспорами, які проростають при температурі 10-27°С і вологості грунту 60-80%. Для зараження рослин оптимальна температура — 16-24 °С. Інкубаційний період хвороби триває 2-3 тижні.

Найінтенсивніший розвиток чорної кореневої гнилі на рослинах тютюну і махорки спостерігається при рН грунту 6,4-7,0.

Ступінь розвитку цього захворювання залежить від кількості хламідоспор у грунті. При наявності в 1 см3 грунті менше 100 хламідоспор рослини майже не хворіють, а при чисельності їх понад 4 тис. спостерігається сильний розвиток хвороби.

Чорна коренева гниль часто є причиною загибелі розсади, а при висаджуванні слабоуражених рослин може зумовити зрідження насаджень.

Відносно стійкі до хвороби сорти тютюну ароматичного Американ 307, Дюбек новий, Скелетно-зеленолистковий, Собольчський 193, Скелетно-жовтолистковий, Крупнолистний 9 і Ювілейний, а махорки — Малопасинковий пехлець 4.

Патоген уражує понад 100 видів рослин (квасолю, сочевицю, люпин, льон, кормовий горох, конюшину тощо). Не уражуються злакові, коноплі, буряк, морква, цибуля, вика, картопля та ін.

Присипання розсади парниковою сумішшю і підживлення рослин при появі захворювання сприяють утворенню нових бічних коренів, завдяки чому розсада і дорослі рослини дещо оздоровлюються.