Хвороба розповсюджена в Україні, особливо в районах з достатньою вологістю. Виявляється переважно на листі з верхнього боку у вигляді блідих або бурувато-червоних, дрібних плям. У місцях плям з'являється чорно-оливковий бархатистий наліт, а восени утворюються чорні дернинки, тому хвороба і має назву чорної плямистості.

Збудник хвороби — сумчастий гриб Dothidella trifolii (Pers.) Bayl. Elliot et Stansf. (Cymadothea trifolii (Pers.) Wolf.) порядку Dothideales. Він утворює сумчасте, конідіальне і пікнідіальне спороношення. У конідіальніи стадії його часто називають Polythrincium trifolii Kunze, а пікнідіальній —Placosphaeria trifolii Trav.

Конідіальне спороношення утворюється протягом весни і літа. Конідіеносці сформуються щільними пучками (дернинками). Вони темно-оливкові, рівномірно-вузлуваті. Конідії обернено-яйцеподібні, світло-оливкові, 20-24 х 9-12 мкм, спочатку одноклітинні, згодом з'являється перетяжка, і вони робляться двоклітинними.

Восени з нижнього боку листків утворюються чорні строми, які складаються із псевдопаренхімної тканини. На них формуються пікніди з пікноспорами, а в численних округлих камерах —псевдотеції з сумками і сумкоспорами. Пікніди кулясті, а пікноспори безбарвні, циліндрично-еліптичні, часто зігнуті, 3-5 х х 1,5-2,0 мкм. Сумки широкі, на коротких ніжках, без парафіз. У кожній сумці по вісім безбарвних, двоклітинних, 23-33 х 6-6,5 мкм, сумкоспор.

Зберігається гриб на уражених рослинах, їхніх рештках пікнідами і псевдотеціями. Він може розвиватись на погано просушеному сіні. Сприйнятливі до хвороби біла і червона конюшина.

Сильно уражене збудником чорної плямистості сіно може спричинювати отруєння тварин.