Виявляють на рослинах протягом всього вегетаційного періоду, але найбільшу шкоду воно завдає в період сходів — «ялинки», зумовлюючи їх в'янення і відмирання. Верхівки ураженої рослини спочатку поникають, а листя і стебла жовтіють, згодом рослина відмирає, про що свідчать скручення, засихання листків і побуріння стебла. Корені руйнуються, і рослину легко виривати. На посівах утворюються плями і «лисини». Сильний розвиток хвороби викликає так зване передчасне достигання льону. На уражених рослинах у коробочках формується щупле, з низькою схожістю насіння.

Збудником фузаріозного в'янення є незавершений гриб Fusarium oxysporum Schl. f.lini Snyder et Hans, родини Tuberculariaceae, порядку Hyphomycetales. На штучних живильних середовищах гриб утворює повітряну, білу, рідше рожеву грибницю з великою кількістю макро- і мікроконідій. Макроконідії веретеноподібні, з 3-5 перетинками, 20-65 х 2,5-5,5 мкм. Мікроконідії одно-, двоклітинні, утворюються у несправжніх головках різних розмірів — від 8-9 х 1,6-2 до 20 х 3 мкм. Гриб формує велику кількість хламідоспор, іноді — склероції. Хламідоспори грушоподібні або кулясті, гладенькі чи жорсткі, одно- чи двоклітинні, безбарвні.

Розвивається гриб при температурі від 10 до 37°С (оптимум 26-28°С), а ураження відбувається при високій вологості (понад 60%) і температурі 13°С.

Патоген проникає у рослину крізь кореневі волоски, кореневу шийку, молоді клітини епідермісу, продихи ростка і навіть крізь випадкові пошкодження. Всередині рослин він розвивається у судинній системі, де утворює густу грибницю, порушує надходження поживних речовин і води у листки, викликає інтоксикацію (виділенням ферменту пектиностерази), чим і пояснюється передчасне в'янення рослин. Отже, патоген викликає типовий трахеомікоз.

У стеблах, хворих на фузаріозне в'янення, нормальні волокнисті пучки не утворюються, стінки судин не дерев'яніють, відсутність лігніну позбавляє льон механічної міцності.

При утворенні на рослинах коробочок патоген уражує їх і насіння. Гіфи гриба проникають у насіннєву оболонку й лишаються там у стані спокою до моменту проростання насіння. Під час проростання насіння гіфи стають життєздатними й уражують сходи.

Дуже уражене насіння буває недостиглим, щуплим, втрачає блиск, іноді набуває рожевого або сіруватого кольору.

F. oxysporum. f. lini є факультативним паразитом. Він може розвиватись на органічних рештках у грунті понад п'ять років, продукуючи конідії і хламідоспори, від яких відбувається зараження льону. Тому навіть при висіванні здорового насіння часто виявляють посіви, дуже уражені збудником хвороби.

Отже, первинними джерелами інфекції фузаріозного в'янення можуть бути уражені насіння і грунт. Протягом вегетаційного періоду хвороба поширюється від рослини до рослини грибницями і конідіями патогена.

Останнім часом опубліковано праці, які обґрунтовують наявність у Fusarium oxysporum f.lini фізіологічних рас, що відрізняються вірулентністю.

Фузаріозне в'янення може викликати недобір урожаю льонової соломи до 60%, насіння — понад 40%, погіршення якості волокна у льоні-довгунці до трьох номерів.

Імунних до фузаріозного в'янення сортів немає.