За зовнішніми ознаками розрізняють іржу льону трьох типів. Рано навесні на сходах (на підсім'ядольному коліні, сім'ядолях, стебельцях і молодих справжніх листках) з'являється невелика кількість дрібних, лимонно-жовтих або оранжевих пустул; у період бутонізації і цвітіння (іноді до початку жовтої стиглості) на листках, стеблах й чашолистиках утворюються дрібні, випуклі, іржасто-оранжеві пустули; після цвітіння до кінця вегетації рослин переважно на стеблах, плодоніжках і коробочках під епідермісом з'являються довгасті, щільні, чорні, з глянцевим відтінком, блискучі коростинки.

Захворювання викликає базидіальний гриб Melampsora lini-usitatissium (Pers.) Kupr. (М. lini (Pers.) Desm., M.lini Desm. var. liniperda Koehn.) порядку Uredinales. Навесні на молодих листках він утворює спермогонії і еції. Спермогонії плоскі, формуються під кутикулою. Еції плоскі і не мають покриву. У них рядами у вигляді ланцюжка утворюються одноклітинні еціоспори з густоборо-давчастою оболонкою.

Еціальна стадія дуже обмежена. Розселюючись, еціоспори проростають, і відбувається нове зараження листків та верхньої розгалуженої частини стебла, на яких під епідермісом утворюються урединії. Епідерміс швидко розвивається, і відбувається оголення урединіоспор. Вони в масі оранжеві, одноклітинні, 16-23 х 13-20 мкм, а їхня оболонка вкрита колючечками. Урединіоспори формуються на безбарвних ніжках.

Між урединіоспорами, особливо по краях урединій, у великій кількості яйцеподібнорозширені у вершині парафізи.

Урединіоспори за допомогою повітряних течій розпилюються, і здійснюється нове зараження рослин льону з утворенням нового покоління урединій з урединіоспорами. Як правило, розвиток урединіостадії триває 2-3 декади, гриб за цей час може дати 4-5 поколінь урединій з урединіоспорами. Найбільш сприятливими умовами для розвитку урединіостадій гриба є температура 18-22°С і висока відносна вологість повітря. До кінця вегетації рослин на стеблах, листках, плодоніжках і насіннєвих коробочках утворюються телії з теліоспорами. Телії мають чорний колір з глянцевим відтінком, сховані під епідермісом і дуже щільні. Вони нагадують коростинки, що складаються з одноклітинних трубкоподібних теліоспор, які зрослися між собою бічними стінками й розміщуються радіально відносно стебла. Вершина теліоспор має потовщену оболонку, а розмір її — 30-60 х 7-20 мкм. Гриб зимує на рештках рослин у вигляді теліоспор, які навесні проростають, утворюючи базидії з базидіоспорами. Базидії витягнуті, овальні, чотириклітинні, 29-47,5 х 7-22 мкм. На кожній клітині базидії утворюються по одній стеригмі довжиною 9-14 мкм, а на стеригмах — по одній базидіоспорі діаметром 3-9 мкм. Базидіоспори розносяться вітром і, потрапляючи на молоді рослини льону, при наявності вологості, проростають, уражуючи листя льону. Згодом утворюються спермогоніальна й еціальна стадії гриба. Виявлено існування рас патогена.

Отже, джерелом інфекції іржі льону можуть бути уражені рештки рослин, що перезимували у грунті, інколи насіння, в яке потрапляють телії як домішка.

Шкідливість іржі льону полягає, насамперед, у погіршенні якості волокна. Коростинки теліоспор, що утворюються в теліях на стеблах, погано відділяються від елементів деревини, внаслідок чого знижується якість волокна на 7-10 номерів. Уражені листки передчасно засихають, що позначається на процесах асиміляції і призводить до недобору врожаю насіння льону (на 8-10%).

Відносно стійкі до іржі сорти льону Київський 2 і Томський 16, Синільга.