Уражуються сходи і дорослі рослини. На сходах загнивають корені, стебла біля кореневої шийки і сім'ядолі. Проростки буріють й часто гинуть до появи на поверхні грунту. На сім'ядолях уражених рослин, які вийшли на поверхню грунту, утворюються глибокі бурі виразки, що охоплюють понад половину всієї поверхні. Нерідко спостерігаєтся потемніння точки росту, внаслідок чого уражені рослини нагадують погашені свічки з чорним ґнотом.

На дорослих рослинах чорніють і відмирають коренева система та основа стебла. Такі рослини відстають у рості і гинуть.

Збудниками кореневої гнилі є незавершені гриби роду Fusarium Link, (частіше F.avenaceum Sacc, F.roseum Fr.), а також ооміцетний гриб Pythium debaryanum Hesse.

На супіщаних грунтах розвиток захворювання посилюється при низькій вологості (менше 50%) й відносно високій температурі повітря (20°С), а на важких за механічним складом — при ущільненні грунту і температурі повітря 18-25°С.

Джерелом інфекції є заражені грунти, де збудники розвиваються на рослинних рештках. Часто вони можуть зберігатись і на насінні. Коренева гниль викликає зрідження посівів, є причиною недобору урожаю 17-50% і більше.

На фоні фосфорно-калійних добрив стійкість рослин до хвороби підвищується. Більш стійкими до хвороби є сорти жовтого люпину.