На льоні виявляють декілька непаразитарних захворювань. Вони можуть виникати від несприятливих погодних факторів, порушення умов живлення рослин, інколи від неправильного застосування ростових речовин і гербіцидів.

Велика вологість грунту і близькість ґрунтових вод пригнічують ріст і розвиток рослин. Спостерігається вимокання льону при перезволоженні грунту навесні. Надмірні дощі, що випадають в період бутонізації і дозрівання, викликають полягання льону і можуть сприяти загниванню рослин. Все це призводить до погіршення машинного збирання, посилення різноякості насіння.

Нестача вологи в грунті спричинює відставання рослин у рості, передчасне дозрівання й опадання листя.

При появі сходів інколи зниження температури до -4°С викликає випадання рослин, що призводить до зменшення урожаю волокна і насіння.

Льон потребує відносно великої кількості поживних речовин у грунті в легкодоступній формі. Нестача азоту негативно впливає на культуру від фази «ялинка» до бутонізації, фосфору — від сходів до «ялинки», калію — в перші три тижні росту і в період бутонізації. При нестачі азоту льон розвивається слабо, рослини мають блідо-жовте або жовтувате забарвлення, листя притиснуте до стебла. Особливо посилюється вплив нестачі азоту після дощів.

Надмірна кількість азоту сприяє сильному росту рослин, стебла потовщуються, посилюється гіллястість, подовжується вегетаційний період, знижується стійкість до іржі, пасма, ламкості стебел І полягання, що позначається на якості насіння і волокон.

При нестачі фосфору послаблюється ріст рослин, листя дрібне, темно-зеленого кольору, іноді з червонуватим відтінком, врожай насіння зменшується.

При калійному дефіциті верхні частини рослин набувають хлоротичності, згодом на листках утворюються некротичні плями. Уражені тканини відмирають, і в цих місцях з'являються дірки. При великій нестачі калію рослини гинуть.

Льон досить чутливий до нестачі бору. В таких випадках спостерігають пожовтіння і відмирання точки росту стебла й молодих частин рослин, які стають крихкими і легко ламаються.

Надмірна кількість кальцію (при внесенні у грунт великих доз вапна) зумовлює відмирання точки росту і потовщення стебла, сприяє посиленому гілкуванню.

Інколи на посівах льону виявляють фасціацію — зростання стебел, верхівок рослин, декількох листків і коробочок. Це явище може мати генетичне походження, або бути наслідком порушення умов живлення рослин при внесенні гербіцидів.