У вологу погоду при збиранні льону, особливо на посівах, ослаблених попередньою посухою, на коробочках, розгалуженнях волоті і стеблах з'являються бурі плями з сірим порохуватим нальотом. З часом плями знебарвлюються, тканини кори і волокна руйнуються, оголюється деревина. У місцях ураження формуються чорні, тверді склероції, які щільно прилягають до деревини.

Збудник сірої гнилі (плісені) — гриб Botrytis cinerea Fr..

При поляганні льону у вологу погоду часто виявляють білу гниль. Стебла і коробочки вкриваються білою повстяною грибницею із сильним грибним запахом. Зовні і всередині уражень утворюються чорні неправильної форми склероції, які легко відділяються від оголеної деревини стебел.

Збудник білої гнилі — гриб Whetzelinia sclerotiorum (dBy.) Korf. et Dumont. (див. Біла гниль соняшнику). Сорти, стійкі до полягання, менше уражуються білою гниллю.