Захворювання частіше зустрічається в районах вирощування льону-довгунця. Проявляється на стеблах і коробочках у вигляді прозорих, бурих, трохи вдавлених плям, на яких з часом з'являються коричневі крапки — пікніди. Вони спочатку вкриті епідермісом, а згодом оголюються й випадають. Часто бурі плями розростаються, охоплюючи все стебло, що призводить до відшарування епідермісу. При ураженні кореневої шийки рослина гине.

Захворювання викликає незавершений гриб Phoma exigna Desm. f. linicola (Naum. et Wass.) Mass. Його пікніди кулясті або трохи видовжені, 110-160 мкм у діаметрі, з тонкою, бурою оболонкою. Пікноспори двоклітинні, безбарвні, видовжені, 8-12 х 2-3 мкм. Розносяться вітром, краплями дощу і комахами. Ураженню рослин і розвитку хвороби сприяє підвищені вологість грунту і повітря (понад 60%), а також температура — понад 8°С. До цвітіння гриб добре проникає у стебло. Пізніше він може уразити рослину лише при механічному пошкодженні або у місцях, пошкоджених комахами. Потрапляючи на коробочку, пікноспори проростають і утворюють грибницю, яка пронизує стулки й проникає в оболонку насіння. При ранньому зараженні насіння (до утворення пігментного шару) грибниця проникає в зародок і спричинює його загибель. Якщо ураження відбувається після утворення пігментного шару, то грибниця розвивається в паренхімі (як і при антракнозі). Патоген може зберігатися на насінні і рештках рослин у вигляді грибниці або пікнід.

Шкідливість фомозу полягає у зниженні енергії проростання і схожості насіння, зменшенні густоти посівів. На уражених рослинах у місцях фомозних плям волокно відстає від деревини і розмачулюється.