Нерідко спостерігають відмирання сходів, ще до їх появи на поверхні грунту, а також зав'ядання молодих рослин. Все це призводить до зрідження посівів і знищення урожаю соняшнику. Загибель паростків соняшнику можуть викликати плісневі гриби роду Pythium Pringsh, а також збудники кореневих гнилей - Rhizoctonia solani Kuehn, Whetzelinia sclerotiorum (dBy.) Korf. et Dumont, Botrytis cinerea Fr. — гриби роду Fusarium Link., інколи бактерії Pseudomonas solanacearum E.F.Smith та ін. Збудники хвороб сходів потрапляють у грунт з насінням і накопичуються у ньому з ураженими рештками рослин.