Коренева система мичкувата, сильнорозвинута, багатоярусна, має п'ять типів коріння. Зерно проростає одним зародковим корінцем. Бічні зародкові (гіпокотильні) корінці розгалужуються і разом з першим зародковим корінцем утворюють первинну (зародкову) кореневу систему. Вона особливо важлива в перші фази росту - до формування 6-8 листків.
Епікотильні корені розвиваються на першому міжвузлі. Ці корені ростуть горизонтально, не розгалужуються. Роль їх у живленні рослин незначна.
Основну частину кореневої системи становить вузлове коріння, що утворюється ярусами з підземних стеблових вузлів після з'явлення на рослині 3-4 листків. Найбільшого розвитку це коріння досягає у фазі цвітіння кукурудзи. З нижніх надземних стеблових вузлів можуть розвиватися опірні, або повітряні корені. Основна маса коріння (до 60%) знаходиться в орному шарі ґрунту, окремі корені проникають у ґрунт на глибину до 3 м. Найкраще коренева система розвивається за щільності ґрунту 1,1-1,3 г/см3. Стебло кукурудзи міцне, виповнене, має до 22 міжвузлів і більше та стільки ж листків.
Листки великі, з широкими і довгими пластинками. Краї пластинок ростуть швидше, ніж середина, внаслідок чого листки стають хвилястими, що збільшує їх поверхню. Розміщуються листки почергово і тому не затінюють один одного. Кількість листків залежить від групи стиглості гібриду. їх буває від 10-12 у ранньостиглих до 40 у пізньостиглих.
Суцвіття у кукурудзи двох типів - волоть з чоловічими квітками і качан - з жіночими. Волоть складається з центральної осі і бічних гілочок. Колоски двоквіткові, розташовані попарно. У волоті формується 4-10 млн. пилкових зерен, які розносяться вітром.
Плід - зернівка. Маса 1000 зерен у дрібнонасінних сортів 100-150 г, у крупнонасінних – 300-400 г. В середньому один качан має 500-600 зерен.
Підвиди кукурудзи. За зовнішньою і внутрішньою будовою зерна, кукурудза поділяється на сім основних підвидів.
Сорти і гібриди зубовидної кукурудзи відносно пізньостиглі. Кремениста кукурудза відзначається найвищою холодостійкістю, може мати як дуже ранні, так і дуже пізні гібриди. Крохмалиста кукурудза більш теплолюбна. Цукрова кукурудза виникла як мутант зубовидних і кременистих сортів, її посіви розширюються. Містить більшу кількість цукру, жиру, білка ніж інші підвиди. Розпусна- найбільш давній підвид. При смаженні зерно розтріскується, утворюючи білі пластівці; має дві форми: рисова із загостреними зернівками і перлова з округлими зернівками. Підвид восковидноїкукурудзи порівняно недавно в культурі. Зовнішня частина ендосперму непрозора і за зовнішніми ознаками через свій матовий відтінок схожа на віск. Вирощується для отримання декстрину.