Рослини озимої пшениці з моменту сівби аж до збирання часто уражаються хворобами, що призводить до зниження врожаю зерна та його якості. Щорічні втрати зерна від хвороб досягають 10-20% і більше потенціального врожаю. З інтенсифікацією виробництва і збільшенням продуктивності рослин шкідливість хвороб посилюється і втрати можуть становити понад 50%.

Збудниками хвороб зернових є в основному гриби, бактерії, віруси, мікоплазми й нематоди. Вони передаються через ґрунт, насіння і залишки попередньої культури. Найбільш поширені хвороби озимої пшениці - тверда і летюча сажка, іржа, борошниста роса, кореневі гнилі, снігова плісень, септоріоз, фузаріоз та ін. Хвороби супроводжують впродовж усієї вегетації до повної стиглості зерна.

Найкращий метод боротьби з хворобами - це впровадження стійких до ураження сортів. У сприятливих для розвитку хвороб умовах ці сорти не знижують урожайність. Хімічну обробку посівів не проводять або застосовують у невеликих розмірах. Особливо ціняться сорти, які мають комплексну стійкість проти основних хвороб.

Зменшують захворювання агротехнічні заходи. Це правильне чергування культуру сівозміні, розміщення пшениці після кращих попередників. Своєчасним основним обробітком ґрунту можна значно зменшити нагромадження інфекції на полях.

Система удобрення повинна передбачати внесення органічних і мінеральних добрив. Органічні добрива добре впливають на розвиток мікрофлори, яка є антагоністом патогенів. Ефективність мінеральних добрив залежить від їх співвідношення. Фосфорні і калійні добрива підвищують стійкість рослин до хвороб. Надмірне, непропорційне внесення азотних добрив призводить до розпушення тканин рослин, що сприяє розвитку хвороб.

Найбільш стійка до ураження хворобами пшениця оптимальних строків сівби. На надто ранніх посівах восени нагромаджується значно більше інфекції бурої і жовтої іржі, борошнистої роси, кореневих гнилей, септоріозу, бактеріальних і вірусних хвороб. Пізні посіви сильніше уражаються сажкою. Глибоко посіяне насіння (6-8 см) довше сходить, а його проростки зазнають ураження збудниками пліснявіння, гнилі кореневої, сажки твердої.

За вегетаційний період у випадку сильного ураження застосовують хімічні препарати для одного-трьох обприскувань посівів. Проведення хімічних захисних заходів найбільш ефективне, коли поширення патогенів перебуває на рівні економічного порогу шкідливості (табл. 12).

На ранніх фазах росту рослини озимої пшениці захищені препаратами, що використовувались для протруювання насіння.